民國68年6月重新修正本局組織規程，置局長1人、督察長1人、局員1人、分駐所所長4人，巡官3人、巡佐2人、辦事員1人、警員14人，共計27人；直至民國81年11月再次檢討修正，增置巡佐2人及警員14人後，編制員額共計43人。
民國87年11月層奉銓敘部同意核備再度擴編，編制員額為124人，增置3課（行政課、保安民防課、陸務課）、2隊（刑事警察隊、保安警察隊）、1室（督察室）、1中心（勤務指揮中心），編制員額由43人增為124人。
為因應「離島建設條例」於89年3月21日獲立法院三讀通過，金、馬試辦兩岸小三通為當前國家重要政策，為維護地區治安並兼顧政府人力精簡政策，在不增加編制員額之前提下，本局於90年8月修正組織規程暨編制表，增置人事室、會計室、勤務中心，並將南竿、北竿、莒光及東引等四個分駐所改置為警察所。
現為健全本局組織架構，衡平各課室業務，乃參照臺灣省縣市警察局組織架構，增置主任秘書職稱及增設秘書室，刻正循法制程序陳報縣政府修編中。
