院長:
承局長之命,兼受上級衛生主管機關之督導,總理院務,並指揮監督所屬員工。本院經行政院衛生署疾病管制局指定為連江縣傳染病專責醫院。
醫務部:
門診與急診患者診治,分內、外、婦、兒、骨、眼、耳鼻喉、皮膚、放射診斷、麻醉科。另負責住院病患照顧、社區醫療與公共衛生防疫等配合工作。
護理部:
門診與急診跟診、住院與急診留院患者照顧、手術護理、配合執行社區醫療、公共衛生與預防注射、醫療量統計與病例分析。
藥劑科:
門診、急診與住院病患處方藥品調劑、藥物諮詢、管制藥品與防疫藥品管理監控、慢性病處方簽使用宣導。