環境保護 加強垃圾分類資源回收 環境衛生維護 飲用水水體水質保護 海域監測 空氣污染防制 噪音污染防制 設置第二垃圾掩埋場 閩江口海域的監護者 馬祖陸域面積不大，卻是廣闊閩江口海域的監護者，環境保護是全球的共識， 馬祖責無旁貸要為後代子孫保留這片樂土。 家庭與部隊廢棄物為主要汙染源 馬祖環境現況尚稱理想，主要的汙染源仍以家庭及部隊的廢棄物為主，各水庫集水區的汙染源也已獲得明顯的改善。未來將加強各鄉垃圾衛生掩埋場的設置 ，並協調馬防部加強軍中垃圾的清運與處理。此外，馬祖各聚落均未佈建汙水下水道，導致汙水滲入水庫、海洋、地下水層，未來也將斥資興建人口集居聚落的汙水下水道與汙水處理設備。 落實汙染源總量管制 永續經營是馬祖環保推動的終極目標，未來將逐步落實汙染源總量管制的環境監控，以各離島的環境承載量，限制汙染物質的境外輸入，並鼓勵民眾推動垃圾減量、資源回收工作，讓環境保護與日常生活充份結合。